Разбор по составу:
пустовать
Части слова (морфемы):
- пуст — корень
- ова, ть — суффиксы
- окончание отсутствует
Основа слова: пустова
ТЬ — это формообразующий суффикс. Он не входит в основу слова, но его можно выделить как окончание (обозначение зависит от программы обучения).